La saison 1998-1999 du Championnat du Luxembourg de football est la 85e édition du championnat de première division au Luxembourg. Les douze meilleurs clubs du pays se retrouvent au sein d'une poule unique, la Division Nationale, où ils s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur. À l'issue du championnat, les deux derniers du classement sont relégués et remplacés par les deux meilleurs clubs de Promotion d'Honneur, la deuxième division luxembourgeoise.
C'est le club de la Jeunesse d'Esch, quadruple tenant du titre, qui remporte une nouvelle fois le championnat en terminant en tête du classement final, avec quatre points d'avance sur le F91 Dudelange et six sur l'Avenir Beggen. C'est le 26e titre de champion du Luxembourg de l'histoire de la Jeunesse d'Esch, qui réussit le doublé en battant un club promu, le FC Mondercange en finale de la Coupe du Luxembourg.
Cette division a été appelée Championnat Luxembourgeois entre 1909 et 1914 puis Première Division entre 1914 et 1932 puis Division d'Honneur entre 1932 et 1957 puis Division Nationale depuis 1957. Les saisons grisées sont celles où le championnat n'a pas eu lieu.
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Championnats nationaux de première division 1998-1999 à travers le monde